• Numérique et Robotique

Plateforme de bioinformatique de Lille (Bilille)

Plateforme

Description

Bilille est la plateforme de bioinformatique de Lille. Nous accompagnons les unités de recherche et les plateformes en biologie et santé dans leurs activités en apportant un support de nature bioinformatique ou biostatistique. Le périmètre scientifique de bilille couvre notamment : l’analyse de données omiques, l’annotation de séquences, la phylogénie, la biologie des systèmes, la bioinformatique structurale, la biologie intégrative, l’analyse de données de criblage à haut contenu et l’analyse de données d’imagerie. Notre expertise transverse et diversifiée dans l'analyse de données issues des domaines de recherche en biologie, environnement et santé nous permet d’offrir une palette complète de services de proximité, du conseil à l’accompagnement dans vos projets, que vous soyez débutant ou expérimenté. Nous sommes ouverts à toutes collaborations, académiques ou industrielles.

Contacts

  • Guillemette Marot
    Responsable scientifique
  • Pierre Pericard
    Responsable technique
  • Jimmy Vandel
    Responsable technique

Informations

Bâtiment ESPRIT, Avenue Paul Langevin
Campus Cité scientifique, Université de Lille
59650 VILLENEUVE D'ASCQ

https://wikis.univ-lille.fr/bilille/

Plateforme de bioinformatique de Lille

Chiffres clés

• + de 400 utilisateurs depuis 2016
• ~20 projets accompagnés par an
• ~30 jours de formation par an
• 2-3 journées scientifiques par an

Effectif

Effectif total : 9

Expertises

Compétences

• Analyse de données omiques (génomique, transcriptomique, protéomique, métagénomique, épigénomique, ...)
• Analyse de données d'imagerie
• Développement de pipelines d’analyse et de bases de données
• Biologie intégrative
• Annotation de gènes, de génomes et de protéines
• Phylogénie
• Biologie des systèmes
• Bioinformatique structurale
• Analyse de données de criblage à haut contenu
• Développement d'outils bioinformatiques et biostatistiques

Exemple(s) de projets

• mirKwood : pipeline complet d'identification et d'annotation des microARN dans les génomes de plantes à partir de données de séquençage small-RNA-seq 🡭
• Viscorvar : package R pour la visualisation des résultats d’intégration de données multi-blocs 🡭
• Norine : plateforme logicielle pour l'analyse de peptides non ribosomiques 🡭
• Assemblage et annotations de données de métatranscriptomique du rouissage du lin au champs
• Intégration de données (transcriptomique, métabolomique, métagénomique, cytométrie, clinique) par des approches statistiques dans l'étude du rôle de cytokines dans les altérations métaboliques, intestinales et pulmonaires

Collaborations/Partenaires/Clients scientifiques

Institut Français de Bioinformatique, Institut National du Cancer (INCa), Laboratoire MAP UMR5240, Plateforme "Exploration du Métabolisme" INRAE Clermont-Ferrand

Collaborations/Partenaires/Clients privés

Copalis, ANSES

Offres de services

Secteurs d'applications

  • Recherche / Science

Prestations de service

• Analyse de données biologiques (données de séquençage, modélisation de l’évolution, protéomique, annotation de gènes, de protéines et de génomes, criblage de données, cytométrie, bioinformatique structurale, glycobiologie)
• Développement d'outils logiciels, pipelines ou bases de données
• Mise à disposition de ressources logicielles
• Mise à disposition de moyens de calcul à haute performance
• Montage de projets collaboratifs nécessitant une expertise en bioinformatique et/ou biostatistique

Offres de formations

• Formations aux outils et aux approches de bioinformatique (banques de données, blast, annotation, alignement, phylogénie)
• Formation à l'analyse de données de séquençage à haut-débit (séquençage ADN, RNA-seq, Variants, Métagénomique, ChIP-seq)
• Formation à l'analyse de données avec R et Bioconductor

Prestations de conseil

Prestations de conseil sur l'ensemble de nos compétences

Equipements

Nous disposons d'un Cloud : 360 coeurs CPUs, 3 To RAM, 140 To stockage, dont environ ⅓ intégré à la fédération nationale Biosphère. Mise à disposition de la communauté pour des projets d’analyse de données.

Découvrez la liste détaillée des équipements : https://wikis.univ-lille.fr/bilille/calcul

Écosystème

Établissements / Organismes de rattachement

Université de Lille
CHU de Lille
Inserm
CNRS
Institut Pasteur de Lille

Établissement(s) partenaires

INRIA

Unité(s) de rattachement

Groupements/Réseaux/Fédérations

France Génomique
Institut Français de Bioinformatique
ELIXIR

Labellisations

Université de Lille

Domaines d'activités stratégiques régionales

  • Numérique et Robotique
    • Intelligence artificielle, traitement d'images, data science

Demande de modification

Vous entrez dans le mode de « demande de modification ».
Après avoir envoyé vos modifications, elles seront d’abord validées par l’équipe Plug in labs Hauts de France, avant d’apparaître sur la plateforme.

Thématiques

Thématiques actuelles

  • Numérique et Robotique
    • Intelligence artificielle, traitement d'images, data science
Titre

Contenu actuel

Plateforme de bioinformatique de Lille
Type

Contenu actuel

Plateforme analytique
Description

Contenu actuel

Bilille est la plateforme de bioinformatique de Lille. Nous accompagnons les unités de recherche et les plateformes en biologie et santé dans leurs activités en apportant un support de nature bioinformatique ou biostatistique. Le périmètre scientifique de bilille couvre notamment : l’analyse de données omiques, l’annotation de séquences, la phylogénie, la biologie des systèmes, la bioinformatique structurale, la biologie intégrative, l’analyse de données de criblage à haut contenu et l’analyse de données d’imagerie. Notre expertise transverse et diversifiée dans l'analyse de données issues des domaines de recherche en biologie, environnement et santé nous permet d’offrir une palette complète de services de proximité, du conseil à l’accompagnement dans vos projets, que vous soyez débutant ou expérimenté. Nous sommes ouverts à toutes collaborations, académiques ou industrielles.
Infos de contact
Contact

Contenu actuel

Nom du contact Email Téléphone
MAROT Guillemette bilille@univ-lille.fr
PERICARD Pierre pierre.pericard@univ-lille.fr
VANDEL Jimmy jimmy.vandel@univ-lille.fr
URL

Contenu actuel

https://wikis.univ-lille.fr/bilille/

Adresse

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Bâtiment ESPRIT, Avenue Paul Langevin
Campus Cité scientifique, Université de Lille
59650 VILLENEUVE D'ASCQ
Mots clés

Contenu actuel

Bioinformatique, Apprentissage statistique, Apprentissage automatique, Pipeline d’analyse, Base de données, Données -omiques, Annotation de séquences, Analyse de données biologiques, Biologie intégrative, Génomique
Nos domaines de recherche
Compétences

Contenu actuel

• Analyse de données omiques (génomique, transcriptomique, protéomique, métagénomique, épigénomique, ...) • Analyse de données d'imagerie • Développement de pipelines d’analyse et de bases de données • Biologie intégrative • Annotation de gènes, de génomes et de protéines • Phylogénie • Biologie des systèmes • Bioinformatique structurale • Analyse de données de criblage à haut contenu • Développement d'outils bioinformatiques et biostatistiques
Chiffres clés

Contenu actuel

• + de 400 utilisateurs depuis 2016 • ~20 projets accompagnés par an • ~30 jours de formation par an • 2-3 journées scientifiques par an
Effectif

Contenu actuel

Effectif total : 9
Exemple(s) de projets

Contenu actuel

• mirKwood : pipeline complet d'identification et d'annotation des microARN dans les génomes de plantes à partir de données de séquençage small-RNA-seq 🡭 • Viscorvar : package R pour la visualisation des résultats d’intégration de données multi-blocs 🡭 • Norine : plateforme logicielle pour l'analyse de peptides non ribosomiques 🡭 • Assemblage et annotations de données de métatranscriptomique du rouissage du lin au champs • Intégration de données (transcriptomique, métabolomique, métagénomique, cytométrie, clinique) par des approches statistiques dans l'étude du rôle de cytokines dans les altérations métaboliques, intestinales et pulmonaires
Exemple(s) de publications

Contenu actuel

Collaborations/Partenaires/Clients scientifiques

Contenu actuel

Institut Français de Bioinformatique, Institut National du Cancer (INCa), Laboratoire MAP UMR5240, Plateforme "Exploration du Métabolisme" INRAE Clermont-Ferrand
Collaborations/Partenaires/Clients privés

Contenu actuel

Copalis, ANSES
Prestations de services
Offres de formations

Contenu actuel

• Formations aux outils et aux approches de bioinformatique (banques de données, blast, annotation, alignement, phylogénie)
• Formation à l'analyse de données de séquençage à haut-débit (séquençage ADN, RNA-seq, Variants, Métagénomique, ChIP-seq)
• Formation à l'analyse de données avec R et Bioconductor
Prestations de services

Contenu actuel

• Analyse de données biologiques (données de séquençage, modélisation de l’évolution, protéomique, annotation de gènes, de protéines et de génomes, criblage de données, cytométrie, bioinformatique structurale, glycobiologie) • Développement d'outils logiciels, pipelines ou bases de données • Mise à disposition de ressources logicielles • Mise à disposition de moyens de calcul à haute performance • Montage de projets collaboratifs nécessitant une expertise en bioinformatique et/ou biostatistique
Prestations de conseil

Contenu actuel

Prestations de conseil sur l'ensemble de nos compétences
Equipements
Equipements spécifiques

Contenu actuel

Nous disposons d'un Cloud : 360 coeurs CPUs, 3 To RAM, 140 To stockage, dont environ ⅓ intégré à la fédération nationale Biosphère. Mise à disposition de la communauté pour des projets d’analyse de données.

Découvrez la liste détaillée des équipements : https://wikis.univ-lille.fr/bilille/calcul
Écosystème
Établissements / Organismes de rattachement

Contenu actuel

  • Université de Lille
  • CHU de Lille
  • Inserm
  • CNRS
  • Institut Pasteur de Lille
Établissement(s) partenaire(s)

Contenu actuel

INRIA
Unité(s) de rattachement

Contenu actuel

  • Plateformes Lilloises en Biologie et Santé
Groupements/Réseaux/Fédérations

Contenu actuel

France Génomique Institut Français de Bioinformatique ELIXIR
Pôle de compétitivité

Contenu actuel

Domaines d'activités stratégiques régionales

Contenu actuel

  • Numérique et Robotique
  • Intelligence artificielle, traitement d'images, data science
Labellisations

Contenu actuel

  • Université de Lille
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