Plateformes Lilloises en Biologie et Santé (PLBS)

Nom du contact	Email	Téléphone
BOUTIN Philippe	philippe.boutin@ibl.cnrs.fr
CRESPIN Sophie	sophie.crespin@univ-lille.fr	(+33) 6 28 52 03 95

https://ums-plbs.univ-lille.fr/

1 place de Verdun
Faculté de Médecine - Pôle Recherche, Université de Lille
59045 LILLE

• ARIADNE-Criblage : - Criblage à haut contenu et à haut débit - Automatisation des criblages - Microscopie confocale automatisée - Caractérisation de cibles et l’optimisation des modulateurs • BICeL : - Imagerie électronique à transmission (MET) et balayage (MEB) - Microscopie photonique - Cytométrie conventionnelle et spectrale, imagerie en flux et tri cellulaire - Préparation des échantillons - Imagerie intravitale - Analyse et l’interprétation des données - Analyse d'images • Bilille : - Développement de pipelines d’analyse et de bases de données - Biologie intégrative - Annotation de gènes, de génomes et de protéines - Phylogénie - Biologie des systèmes - Bioinformatique structurale - Développement d'outils bioinformatiques et biostatistiques • Genomic @ Lille : - Génomique « génomes entiers » - Transcriptomique - Métagénomique - Séquençage et re-séquençage de génomes entiers - Re-séquençage d’exomes de diverses qualités - Séquençage ciblé - Métagénomique ciblée 16S - RNA-seq et scRNA-seq - DGE microarrays et DGE Nanostring • LIIFE : - Acquisition en imagerie in vivo en IRM et TEP - Recherche translationnelle - Approches multidisciplinaires (radiologie, médecine nucléaire, ingénierie) - Exploration fonctionnelle et comportementale - Traitement et analyse d’images • PAGés - P3M : - Composition et quantification en monosaccharide - Etude de mélange complexe de glycannes, poly- et oligo-saccharides - Glycobiologie structurale - Spectroscopie RMN (résonance magnétique nucléaire) - Protéomique haut débit - Etude des modifications post-traductionnelles - Glyco protéomique - Spéctrométrie de masse native • Animaleries : - Hébergement de rongeurs et modèles aquatiques - Elevage de lignées transgéniques - Explorations fonctionnelles et métaboliques - Analyse de composition corporelle

Nombre de chercheurs : 1
Nombre de doctorants :
Nombre de personnel d'appui à la recherche : 81
Effectif total : 84

• MuDiS4LS : projet d'espaces numériques mutualisés pour les sciences du vivant 🡭 • ARIANES : brain MRI regional network 🡭

• High-Throughput Image-Based Aggresome Quantification (ARIADNE-Criblage) PMID: 32449635 🡭 • A microscopic phenotypic assay for the quantification of intracellular mycobacteria adapted for high-throughput/high-content screening (ARIADNE-Criblage) PMID: 24473237 🡭 • Détection d’évènements rares. La cytométrie en flux, 2ème édition (BICeL) 🡭 • MATAM: reconstruction of phylogenetic marker genes from short sequencing reads in metagenomes (bilille) PMID: 29040406 🡭 • MPAgenomics: an R package for multi-patient analysis of genomic markers (GO@L, bilille) PMID: 25495450 🡭 • MICRA: An automatic pipeline for fast characterization of microbial genomes from high-throughput sequencing data (GO@L) PMID: 29258574 🡭 • Prediction of Long-term Cognitive Functions after Minor Stroke, Using Functional Connectivity (LIIFE) PMID: 33402437 🡭 • Tenets, Methods, and Applications of Multifractal Analysis in Neurosciences (LIIFE) 🡭 • Systems glycomics of adult zebrafish identifies organ-specific sialylation and glycosylation patterns (PAGés) PMID: 30405127 🡭 • REPRISAL: Mapping lignification dynamics using chemistry, data segmentation, and ratiometric analysis (TisBIO) PMID: 34687294 🡭

Nationales : Institut Pasteur Paris, Institut Necker Paris, Paris Orsay, Université Paris Sud - Institut Galien, Institut Polytechnique de Paris, Institut Curie, Institut Cochin, Université de Technologie de Compiègne, Université de Toulouse, Sorbonne Université, Université du Littoral Côte d'Opale, Université de Rouen, Université d'Angers, Polytech Montpellier, CHU de Rouen, CHU de Nantes, CHU de Marseille, CHU d'Amiens-Picardie, CHU de Bordeaux, Hôpital Fondation Rothschild (Paris), UMR5240 - Microbiologie, Adaptation et Pathogénie, Plateforme "Exploration du Métabolisme" INRA Clermont-Ferrand, U1086 ANTICIPE (Rouen), U1209 IAB (Grenoble), UMR7339 CRMBM (Marseille) Internationales : Université Libre de Bruxelles (Belgique), Sciensano (Belgique), Institut Weizmann pour les Sciences (Israel), Paul Langherans Institute Dresden (Allemagne), University hospital of Munich (Allemagne), Université de Nagoya (Japon), Université de Sheffield (Grande Bretagne), Massachusetts General Hospital (Etats-Unis), University of Chicago (Etats-Unis), University hospital of Maastricht (Pays-Bas)

Bioversys, Apteeus, GSK, Copalis, ANSES, OCR, Gènes Diffusion, Philips, General Electric, Siemens, Qynapse, Cleverdoc

L'offre de formations proposée par PLBS recouvre des formations théoriques et pratiques ainsi que des écoles thématiques référencées dans les catalogues de formations des institutions de tutelles. Des formations sur-mesure peuvent également être élaborées sur demande.
• Criblage à haut contenu en milieu confinés LNSB2 et LNSB3
• Bases théoriques et pratique de la cytométrie
• Théorie et pratique en microscopie photonique et vidéomicroscopie
• Pratique en microscopie électronique
• Formation à l'analyse d'images par logiciels spécialisés
• Formation théorique et pratique à la transparisation d'échantillons et imagerie 3D
• Formations aux outils et aux approches de bioinformatique (banques de données, blast, annotation, alignement, phylogénie)
• Formation à l'analyse de données de séquençage à haut-débit (séquençage ADN, RNA-seq, Variants, Métagénomique, ChIP-seq)
• Formation à l'analyse de données avec R et Bioconductor
• Formation aux glyco-technologies
• Formations théoriques et pratiques à l'analyses glycomiques
• Cours de RMN appliquée aux glycoconjugués
• Formation théorique et pratique à l'exploration fonctionnelle et comportementale chez le Rongeur

Pour les prestations de service spécialisées, consulter les profils de nos plateformes : • Génomique (GO@L) 🡭 • Glycomique & protéomique (PAGés-P3M) 🡭 • Bionformatique & biostatistique (bilille) 🡭 • Animaleries (Ressources expérimentales) • Imagerie cellulaire (BICeL) 🡭 • Imagerie du vivant & fonctions (LIIFE) • Criblage HCS-HTS (Ariadne-criblage) 🡭

Prestations de conseil sur l'ensemble de nos compétences et expertises.

• CHU de Lille
• Inserm
• Université de Lille
• CNRS
• Institut Pasteur de Lille

INRIA Institut pour la Recherche sur le Cancer de Lille

RéMiSoL – Réseau Microscopie à Sondes Locales GDR ChemBioScreen GIS IBiSA GDR Imabio GDR Chemobiologie Cancéropôle Nord-Ouest BioInfoDiag ELIXIR IR ChemBioFrance IR IFB - Institut Français de Bioinformatique France Génomique RCCM – Réseau des Centres Communs de Microscopie RtMFM – Réseau de Microscopie Photonique de Fluorescence Multidimensionnelle RIIP Réseau International des Instituts Pasteur Société Française de NeuroModulation REMI - Réseau d'Entraide Multicentrique en IRM SAIN - Small Animal Imaging Network

446 - Biologie Santé de Lille (BSL)

Labex ParaFrap EquipEx ImagInEx BioMed EquipEx+ MuDiS4LS

Santé et agroalimentaire (Nutrition-Santé-Longévité)

• Santé et Nutrition
• Alimentation sûre, saine et durable
• Génétique, bio-marqueurs et biomolécules
• Nouvelles approches thérapeutiques
• Numérique et Robotique
• Ingénierie, conception logicielle, logiciels libres
• Intelligence artificielle, traitement d'images, data science
• Médecine du futur : nouveaux équipements de santé et e-santé